Я делал так: ставим командый модуль, по центру какая-нибудь фигня (бак или просто структурный элемент), радиально расставляешь 4 бака FL-T400 (раз летишь на Дюну, можно и побольше) с LV-909, ножки, разумеется. Далее, к центральной фигне крепим докпорт, к нему СНИЗУ приедлываем ровер, СНИЗУ ровера ещё докпорт, к которому будет крепиться, собственно, РН. Итак, выходишь на орбиту, отстыковываешь РН (надо иметь либо командный модуль, либо модуль дистанционного управления, но тогда надо запастить генераторами - ритегами), роняешь орбиту, тормозишь на парашютах. Тут варианты:
1) (Если на ровере нету парашютов) В нескольких метрах от поверхности режешь все парашюты и аккуратно на движках сажаешь ровер и отстыковываешь, затем чуть-чуть отводишь в сторону лендер и сажаешь
2) (Если на ровере есть отличные парашюты) Собственно, всё просто: выпускаешь все парашюты, расстыковываешь и приземляешь ровер и лендер отдельно (обязательно потренируйся и проверь конструкцию на Кербине)
Будет довольно сложно возвращать обратно: надо очень аккуратно подлететь на лендере СВЕРХУ ровера, прицепить его, и затем взлетать. Если хочешь, можно сделать лендер на очень высоких ножках, а ровер - на ножках пониже. То есть, ты подкатываешь ровер под высоченный лендер, опускаешь ноги и тебя поднимает прямо к докпорту, но это тоже надо отработать на родине.
В общем, так. Тот вариант, который я тебе расписал в начале я сажал на Муну, всё спокойно и гладко, огурец жив, здоров и счастлив, правда, возвращать его вместе с ровером ещё не пробовал..
P.S. Проще всего, пожалуй, просто доставить большой лендер на Дюну, безо всяких роверов, не?