У меня тоже такое было. Но по итогу разрешилось само
Я полетел 2 кербанавтами, 1 пилот и 1 инженер. Инженер смотался прикрутить антенну на спутник и вернулся.
1) Когда инженер прикрутил антенну - в меню контракта высветилась зеленая галочка, что пункт контракта выполнен. При этом напротив "должен быть инженер на Активный аппарат" галочка так и не высветилась.
2) Когда инженер вернулся на борт, обе галочки пропали. Я уж думал заново начинать все. Потом забил и полетел назад. Когда приземлился, проверил еще раз меню контрактов - а он среди выполненных. При чем напротив "должен быть инженер на Активный аппарат" стоит пометка "провал", но сам контракт сочтен успешно выполненным по итогу.