Pyron,
огонь горит, вода течет... тут все просто - инженер может чинить сломавшиеся шасси, паковать паращюты на первом уровне, чинить посадочные ноги на втором и к тому же от уровня инженера зависит скорость добычи руды.
Уровень ученых не дает ничего кроме скорости работы лабы, но в новой версии лаба дает такой бонус к науке, что таскать ее в обход мимо лабы бессмысленно.
Пилот же с уровнем учится использовать сас. Сначала он научится держать руль руками, потом крутить нос в прогард и ретрогард, потом в нормаль, в цель и прочее. Без пилота сас работать не будет. Ну или нужен умный беспилотный модуль. Их умения кстати тоже зависят от модели дрона.
Pyron, по части того где и чем экспериментировать можно почитать статейку на вики wiki.kerbalspaceprogram.com/wiki/Science/ru (с телефона ссылка не вставляется
). В целом она устарела, но список науки по биомам и принцып вычисления цены науки от планеты вроде не менялись. Про лабу там не читай - сейчас другой механизм