Nex_MC, ничего странного.
Все "большые", типа ангаров/планет - в коде, их так не изменить.
Текстуры, модели и конфиги деталей, и не только - в папке "GameData". Тут можно ставить эксперименты, сюда ставятся моды. Бекап всей папки не забудь
Всё "стоковое" в подпапке "Сквад". Внутри детали, звуки, конфиги... много всего. Жаль, не всё - скажем, контракты там не настраиваются.
Если хочешь занятся моддингом - ставь ModuleManager.
Для редактирования cfg файлов рекомендую Notepad , кастомная подсветка синтаксиса в наличии (у меня, если надо - кину).
mu (модели) и mbm (текстуры) нередактируемы (практически)
png - обычный формат картинок. Можно хоть пайнтом (прозрачность!) можно фотошопом. Лучше всего (для меня) paint.NET 3.x (4 полагивает).
dds - рисунок "без сжатия", только .NET. Фотошоп - только с плагином.
что там ещё... ну, вроде всё.
Вопросы, связанные напрямую с моддингом писать сюды
кирпичики и куличики. Там же есть небольшие гайды, и примеры (те же лодки от mannhack-а)
Активно пользуемся гуглом, яндексом, форумом и головой - и всё будет :)